Microsoft Dynamics NAV 2013 bazuje na trójwarstwowej architekturze. System zawiera narzędzia programistyczne umożliwiające odpowiednie dostosowywanie kodu i efektywne wykorzystanie dostępnych funkcji. Oprogramowanie działa w środowisku Windows, co sprawia, że użytkownik może pracować równie komfortowo i sprawnie jak w programach Microsoft Office.