zadaniem programu FPS jest rozwijanie współpracy transgranicznej partnerów społeczno-gospodarczych województwa warmińsko-mazurskiego oraz pomorskiego z Obwodem Kaliningradzkim i Litwą w celu wykorzystania szans tkwiących we współpracy z Obwodem Kaliningradzkim, przyszłą enklawą wewnątrz rozszerzonej Unii Europejskiej.